社保和农村合作医疗存在的差异：新农合个人承担为主，国家会给予一定的补贴，城镇职工社保，即单位和个人各承担一部分；农村合作医疗当年缴费，次年需再交钱才可以享受新农合，社保参保人在完成交费年限后便可以终身获得享受；农村合作医疗缴费主体为个人，社保缴费主体为用人单位和劳动者；其他。
法律依据:
《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。
