按照《条例》规定，精神损害抚慰金按照医疗事故发生地居民年平均生活费计算。造成患者死亡的，赔偿年限最长不超过6年；造成患者残疾的，赔偿年限最长不超过3年。需要注意的是，在司法实践中，如果患者死亡，精神损害抚慰金的请求主体为患者家属；如果患者残疾，该项赔偿的请求主体应为患者本人，而其家属无权要求赔偿精神损害抚慰金。
精神损害抚慰金并不是对每一例都计算为6年、3年。更不是对死者的每一个近亲属都要计算一笔精神损害抚慰金。具体计算年限时，可根据患者原有疾病状况、医疗过失行为的责任程度、医疗机构承担责任的经济能力、所在地平均生活水平等因素确定。
按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算。丧葬费是指患者因医疗事故死亡时，其家属因安葬患者而支出的费用。《条例》规定该项费用按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算。但是，在实践中，由于各地民政和财政部门规定的丧葬费标准过低，因此出于公平与合理的考虑，无论是法院判决还是双方协商，其最终数额多略高于《条例》的规定。
目前，各地民政和财政部门都规定有丧葬费的具体标准，如重庆市规定的丧葬费标准为1500元，北京规定为800元。按起草者的解释，此丧葬费已包括了存尸费、尸体运转费、尸体整容费、火化费、寿衣费等费用。至于死者方大办丧事所增加的费用，不予赔偿。
