公司大股东侵犯小股东利益时要采取下列办法处理：
1、小股东可选出代表，就大股东的侵权行为与之协商进行处理；
2、如果双方协商不成的，代表可向人民法院提起诉讼，请求大股东就其侵权行为承担相应的赔偿责任。
起诉流程有：
1、原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；
2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；
3、法院将原告的起诉书副本送达被告；
4、被告作出书面答辩；
5、开庭审理；
6、法院做出判决。
【法律依据】
《中华人民共和国公司法》第二十二条，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。
股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。
公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。
