软件著作权登记应在中国版权保护中心进行办理。
根据《计算机软件著作权登记办法》第九条规定，申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
