在商标权质押登记机构办理商标权质押登记的方式是以注册商标专用权进行质押的，出质人与质权人应当订立商标专用权质押书面合同。质押合同订立后，出质人与质权人双方应当到商标局变更续展处办理商标专用权质押登记手续。
【法律依据】
根据《物权法》第一百八十八条，以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立;未经登记，不得对抗善意第三人。
在商标权质押登记机构办理商标权质押登记的方式是以注册商标专用权进行质押的，出质人与质权人应当订立商标专用权质押书面合同。质押合同订立后，出质人与质权人双方应当到商标局变更续展处办理商标专用权质押登记手续。
根据《物权法》第一百八十八条，以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立;未经登记，不得对抗善意第三人。
