海上运输合同发生纠纷的，可以提起诉讼。
在运输合同中，不论是铁路、公路、水上、航空运输，还是联合运输合同的纠纷，因此而提出的诉讼，一般由运输始发地、目的地或者被告住所地的人民法院管辖。
在诸多形式的运输中，有两个运输方式而成立的合同是例外。
其一，如果是海上运输而产生的纠纷，应当由海事法院管辖；
其二，如果是铁路运输合同的纠纷以及与铁路运输有关的侵权纠纷，应当由铁路运输法院管辖。
【法律依据】
《海事诉讼特别程序法》第六条，海事诉讼的地域管辖，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定。
下列海事诉讼的地域管辖，依照以下规定：
(一)因海事侵权行为提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条至第三十一条的规定以外，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；
(二)因海上运输合同纠纷提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定以外，还可以由转运港所在地海事法院管辖；
(三)因海船租用合同纠纷提起的诉讼，由交船港、还船港、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖；
(四)因海上保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖；
(五)因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，由原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地、被告住所地海事法院管辖；
(六)因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖；因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖；
(七)因海船的船舶所有权、占有权、使用权、优先权纠纷提起的诉讼，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。
