辞职单位收回房改房不一定合法，如果是城镇职工根据国家和县级以上地方人民政府有关城镇住房制度改革政策规定，已经取得该房屋所有权，并且办理了房产证的，收回一般是不合法的。
法律依据:
《建设部关于已购公有住房和经济适用住房上市出售管理暂行办法》第三条本办法所称已购公有住房和经济适用住房，是指城镇职工根据国家和县级以上地方人民政府有关城镇住房制度改革政策规定，按照成本价（或者标准价）购买的公有住房，或者按照地方人民政府指导价购买的经济适用住房。
本办法所称经济适用住房包括安居工程住房和集资合作建设的住房。
