合疗卡丢失补办流程：持卡人本人向当地乡镇医院农合站申请挂失，然后根据农合办通知的补卡时间带本人身份证、参合票据等材料到农合办补卡窗口办理补卡手续。
法律依据:
《社会保险法》第七条
国务院社会保险行政部门负责全国的社会保险管理工作，国务院其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
县级以上地方人民政府社会保险行政部门负责本行政区域的社会保险管理工作，县级以上地方人民政府其他有关部门在各自的职责范围内负责有关的社会保险工作。
第八条
社会保险经办机构提供社会保险服务，负责社会保险登记、个人权益记录、社会保险待遇支付等工作。
