分公司和总公司发票的处理方法如下：
1、如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这叫关联交易。
2、如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内，或者经税务机关审批同意汇总缴纳的；
可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。
【法律依据】
《发票管理办法》第三条，本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
