可以起诉申请单位社保补偿，只要符合《民事诉讼法》规定的起诉条件，人民法院就会受理。劳动者申请单位社保补偿，除了起诉，还可以向当地的仲裁委申请仲裁。
法律依据:
《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
(二)有明确的被告；
(三)有具体的诉讼请求和事实、理由；
(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
第一百二十条
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
