房屋征收补偿协议的主体是房屋征收部门和被征收人。需要强调的是，征收补偿协议的一方主体是市、县级人民政府确定的房屋征收部门，而非作出征收决定的市、县级人民政府本身。
签订补偿协议是一种法律行为，要求双方当事人应当具有相应的权利能力和行为能力。不具有机关法人资格的政府工作部门不得被确定为房屋征收部门，不能参与房屋征收法律关系成为补偿协议当事人。
【法律依据】
《民法典》第二百四十三条，为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地和组织、个人的房屋以及其他不动产。
征收集体所有的土地，应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。
征收组织、个人的房屋以及其他不动产，应当依法给予征收补偿，维护被征收人的合法权益;征收个人住宅的，还应当保障被征收人的居住条件。
任何组织或者个人不得贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费等费用。
