已质押的股权转让协议有效。已质押的股权质押人不得随意转让，但不能以此认定已质押的股权转让协议无效，因为质押人与受让人签署转让合同后受让人将取代质押人拥有股东身份，其权利是受到法律保护的。
【法律依据】
《合同法》第五十二条，有下列情形之一的，合同无效：
（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
（三）以合法形式掩盖非法目的；
（四）损害社会公共利益；
（五）违反法律、行政法规的强制性规定。（《合同法》将于2020年12月31号失效）。
根据《民法典》第一百五十三条：违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。（《民法典》生效时间为2021年1月1日）。
