公司变更法人合同有效，但法人的实际情况与登记的事项不一致的，不得对抗善意相对人。公司法定代表人指依法律或法人章程规定代表法人行使职权的负责人。法定代表人的变更并不影响公司在合同中的权利义务关系，原来已经签订的合同依然有效。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第六十四条法人存续期间登记事项发生变化的，应当依法向登记机关申请变更登记。
《中华人民共和国民法典》第六十五条法人的实际情况与登记的事项不一致的，不得对抗善意相对人。
公司变更法人合同有效，但法人的实际情况与登记的事项不一致的，不得对抗善意相对人。公司法定代表人指依法律或法人章程规定代表法人行使职权的负责人。法定代表人的变更并不影响公司在合同中的权利义务关系，原来已经签订的合同依然有效。
《中华人民共和国民法典》第六十四条法人存续期间登记事项发生变化的，应当依法向登记机关申请变更登记。
《中华人民共和国民法典》第六十五条法人的实际情况与登记的事项不一致的，不得对抗善意相对人。
