企业法人内部职能部门充当保证人时，仍由企业法人承担责任，因为企业职能部门不是独立的法人主体，故不能独立承担责任，所以分支机构的责任最终仍由法人来承担。
【法律依据】
《民法典》第六百八十三条，机关法人不得为保证人，但是经国务院批准为使用外国政府或者国际经济组织贷款进行转贷的除外。以公益为目的的非营利法人、非法人组织不得为保证人。
企业法人内部职能部门充当保证人时，仍由企业法人承担责任，因为企业职能部门不是独立的法人主体，故不能独立承担责任，所以分支机构的责任最终仍由法人来承担。
《民法典》第六百八十三条，机关法人不得为保证人，但是经国务院批准为使用外国政府或者国际经济组织贷款进行转贷的除外。以公益为目的的非营利法人、非法人组织不得为保证人。
