企业合并后员工选择离开的是有补偿的。公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿，可以以现金、股权或者债权等方式支付。一般情况下，公司合并、破产、重整等，用人单位都应该给予劳动者相应补偿。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
企业合并后员工选择离开的是有补偿的。公司合并后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素变化，员工有权自由选择去留。若员工选择离开，公司需要对员工进行相应补偿，可以以现金、股权或者债权等方式支付。一般情况下，公司合并、破产、重整等，用人单位都应该给予劳动者相应补偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
