发行公司债券的主要程序有：
1.作出决议或决定。股份有限公司、有限责任公司发行公司债券，由董事会制订方案，股东会作出决议;国有独资公司发行公司债券，应由国家授权投资的机构或者国家授权的部门作出决定。
2.申请发行。作出决议或者决定后，必须依照公司法规定的条件，向国务院授权的部门提交规定的申请文件。
3.经过批准。国务院授权的部门依照法定条件负责批准公司债券的发行，该部门应当自受理公司债券发行申请文件之日起三个月内作出决定;不予审批的，应当作出说明。
4.公告募集办法。发行公司债券申请经批准后，应当公告债券募集办法;在募集办法中应当载明相关事项。
5.公司债券的载明事项。公司发行公司债券，必须在债券上载明公司名称、债券票面金额、利率、偿还期限等事项，并由董事长签名，公司盖章。
6.公司债券存根簿。公司发行公司债券应当置备公司债券存根簿。
【法律依据】
《公司法》第一百五十七条规定，公司发行公司债券应当置备公司债券存根簿。 发行记名公司债券的，应当在公司债券存根簿上载明下列事项：
（一）债券持有人的姓名或者名称及住所；
（二）债券持有人取得债券的日期及债券的编号；
（三）债券总额，债券的票面金额、利率、还本付息的期限和方式；
（四）债券的发行日期。 发行无记名公司债券的，应当在公司债券存根簿上载明债券总额、利率、偿还期限和方式、发行日期及债券的编号。
