农村宅基地房屋动迁补偿纠纷的处理是：
1.是争房屋经土改登记，未经农村宅基地使用权登记及未新建、翻建、改扩建的，以土改时登记的权利人为房屋的权利人;
2.是争房屋经土改登记及农村宅基地使用权登记，未进行新建、翻建、改扩建的，以土改登记及农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人;
3.是争房屋虽经土改登记，但在宅基地使用权登记前后新建、翻建、改扩建的，以农村建房用地审批文件和农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人。
【法律依据】
根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
