休年假不会扣工资。机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假，由此可知休年假是带薪的，如果单位扣工资属于一种违法行为，劳动者可以到劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。
而且职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，也就是说年休假期限单位要给员工发放与平时正常工作期间一样的工资待遇。
【法律依据】
《劳动法》第四十五条，国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。具体办法由国务院规定。
