主要问题是劳动关系难以认定，因为很多都没有签订劳动合同。因此农民工在进行劳动关系关系的认定时，可以凭借工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录以及用人单位向劳动者发放的工作证等能够证明身份的证件等等来进行认定。
法律依据:
《关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条成立事实劳动关系参考以下因素：用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
(一)工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录；
(二)用人单位向劳动者发放的工作证”、服务证”等能够证明身份的证件；
(三)劳动者填写的用人单位招工 招聘 登记表”报名表”等招用记录；
(四)考勤记录；(五)其他劳动者的证言等。其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。
