二者区别如下：
1、独立核算分公司（即法人机构）和非独立核算的分公司（即非法人机构）在增值税征管上是一致的，都在其经营地就地缴纳增值税；
2、独立核算分公司企业所得税是单独核算缴纳的，非独立核算的分公司即是分支机构，企业所得税是汇总缴纳的。
【法律依据】
根据《中华人民共和国企业所得税法》第50条规定：除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点；但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
