无房产证只有购房合同会被法院查封。依据我国相关法律的规定，房屋只有购房合同没有房产证的，如果能证明房屋是当事人的，人民法院就可以对房屋进行查封冻结。
【法律依据】
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二条，人民法院可以查封、扣押、冻结被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产、特定动产及其他财产权。
未登记的建筑物和土地使用权，依据土地使用权的审批文件和其他相关证据确定权属。
对于第三人占有的动产或者登记在第三人名下的不动产、特定动产及其他财产权，第三人书面确认该财产属于被执行人的，人民法院可以查封、扣押、冻结。
第十条，查封尚未进行权属登记的建筑物时，人民法院应当通知其管理人或者该建筑物的实际占有人，并在显著位置张贴公告。
