旷工三天扣九天工资不合法。用人单位的这种行为，侵犯了劳动者劳动报酬权，是违法的。但公司规定旷工三天扣九天工资，多扣的工资显然是其他正常工作日的工资，涉嫌恶意克扣工资。
法律依据:
《劳动法》第50条规定：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《企业职工奖惩条例》规定，由用人单位提出与无正当理由旷工的职工终止劳动关系的一种处理方式。除名的条件是：
(1)职工经常旷工没有正当理由；
(2)经批评教育无效；
(3)达到规定的旷工天数，即连续旷工时间超过15天，或者1年以内累计旷工时间超过30天。
