农村盖仓房产生土地纠纷的，可以通过以下方式处理：
(一)由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
(二)当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
农村盖仓房产生土地纠纷的起诉流程有：
1、原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；
2、人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；
3、法院将原告的起诉书副本送达被告；
4、被告作出书面答辩；
5、开庭审理；
6、法院做出判决。
【法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
