食品经营许可证不注销，会产生不注销的费用。营业执照和食品经营许可证是需要注销的，否则在以后开店过程中是不允许设立的。经营者应尽量及时去注销相关证件，如果不经营店铺，也不注销经营许可证，那么就会产生一定的费用叠加。
法律依据:
《中华人民共和国食品经营许可办法》第三十六条
食品经营者终止食品经营，食品经营许可被撤回、撤销或者食品经营许可证被吊销的，应当在30个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请办理注销手续。食品经营者申请注销食品经营许可的，应当向原发证的食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可注销申请书；
（二）食品经营许可证正本、副本；
（三）与注销食品经营许可有关的其他材料。
