发生货物运输合同纠纷，合同当事人双方可以通过协商的方式进行解决；通过双方约定的仲裁条款选择仲裁机构进行仲裁解决；通过向人民法院提起诉讼进行解决。
法律依据:
《中华人民共和国民事诉讼法》第三条人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。
