办理兽药进口通关单应提交的材料：
1、兽药进口申请表；
2、代理合同（授权书）和购货合同复印件；
3、《兽药经营许可证》、工商营业执照复印件；兽药生产企业申请进口本企业生产所需原料药的，提交《兽药生产许可证》、工商营业执照及其所生产产品的批准文号证明文件复印件；
4、《进口兽药注册证书》复印件。
法律依据:
《中华人民共和国兽药管理条例》第三条
国务院兽医行政管理部门负责全国的兽药监督管理工作。县级以上地方人民政府兽医行政管理部门负责本行政区域内的兽药监督管理工作。
第四条
国家实行兽用处方药和非处方药分类管理制度。兽用处方药和非处方药分类管理的办法和具体实施步骤，由国务院兽医行政管理部门规定。
