民间借贷纠纷案件的收费标准应当是：不超过1万元的部分，每件交纳50元；1万元至10万元的部分，按照2、5%交纳；10万元至20万元的部分，按照2%交纳；
2、0万元至50万元的部分，按照1、5%交纳；
5、0万元至100万元的部分，按照1%交纳。
法律依据:
《诉讼费用交纳办法》第六条当事人应当向人民法院交纳的诉讼费用包括：
（一）案件受理费；
（二）申请费；
（三）证人、鉴定人、翻译人员、理算人员在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴。
《诉讼费用交纳办法》第七条案件受理费包括：
（一）第一审案件受理费；
（二）第二审案件受理费；
（三）再审案件中，依照本办法规定需要交纳的案件受理费。
