行业归口管理部门指的是按国家赋予的权利以及承担的责任、各司其责，按特定的管理渠道实施管理的部门，通俗来说就是归属于哪个部门或是哪个体系管理。
法律依据:
《财政部关于统一归口管理中央部门和单位的行政事业性收费及政府性基金等问题的通知》第一条中央部门和单位凡涉及行政事业性收费、政府性基金的有关事务，包括申请立项、调整收费标准、购领票据，以及与之相关的财务收支活动，统一由中央部门和单位的财务机构归口管理。
《财政部关于统一归口管理中央部门和单位的行政事业性收费及政府性基金等问题的通知》第二条中央部门和单位凡申请设立或变更行政事业性收费项目，一律统一归口由中央部门的财务机构负责提出，并以部（委、局）级公文形式报财政部、国家计委审批。
