合作社可以申请破产。合作社若是有不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的情形出现的，可以向人民法院申请破产。破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。
法律依据:
《中华人民共和国农民专业合作社法》第五十五条农民专业合作社破产适用企业破产法的有关规定。但是，破产财产在清偿破产费用和共益债务后，应当优先清偿破产前与农民成员已发生交易但尚未结清的款项。
《中华人民共和国企业破产法》第二条企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，依照本法规定清理债务。
企业法人有前款规定情形，或者有明显丧失清偿能力可能的，可以依照本法规定进行重整。
