税务登记证正本丢失的，不能注销，可以先向主管税务机关申请补办税务登记证件，之后再注销。纳税人、扣缴义务人遗失税务登记证件的，应当在税务机关认可的报刊上作遗失声明，凭报刊上刊登的遗失声明到主管税务机关补办税务登记证件。
法律依据:
《税务登记管理办法》第三十七条纳税人、扣缴义务人遗失税务登记证件的，应当自遗失税务登记证件之日起15日内，书面报告主管税务机关，如实填写《税务登记证件遗失报告表》，并将纳税人的名称、税务登记证件名称、税务登记证件号码、税务登记证件有效期、发证机关名称在税务机关认可的报刊上作遗失声明，凭报刊上刊登的遗失声明到主管税务机关补办税务登记证件。
