民办非企业若是属于学校的话，登记证书在当地教育部门办理。申请登记的举办者所提交的文件、证件和填报的登记申请表齐全、有效后，登记机关方可受理。登记机关审查提交的文件、证件和填报的登记申请表的真实性、合法性、有效性，并核实有关登记事项和条件。
法律依据:
《民办非企业单位登记暂行办法》第三条民办非企业单位登记管理机关（以下简称登记管理机关）审核登记的程序是受理、审查、核准、发证、公告。
（一）受理。申请登记的举办者所提交的文件、证件和填报的登记申请表齐全、有效后，方可受理。
（二）审查。审查提交的文件、证件和填报的登记申请表的真实性、合法性、有效性，并核实有关登记事项和条件。
（三）核准。经审查和核实后，作出准予登记或者不予登记的决定，并及时通知申请登记的单位或个人。
（四）发证。对核准登记的民办非企业单位，分别颁发有关证书，并办理领证签字手续。
（五）公告。对核准登记的民办非企业单位，由登记管理机关发布公告。
