减免税备案一般由县级税务机关办理。一般而言，增值税的备案绝大多数为事先备案，即：只有在获准备案后，企业方可享受减免税，而所得税有事先减免也有事后的减免备案。
法律依据:
《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第十五条
已办理税务登记的扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，向税务登记地税务机关申报办理扣缴税款登记。税务机关在其税务登记证件上登记扣缴税款事项，税务机关不再发放扣缴税款登记证件。
根据税收法律、行政法规的规定可不办理税务登记的扣缴义务人，应当自扣缴义务发生之日起30日内，向机构所在地税务机关申报办理扣缴税款登记。税务机关发放扣缴税款登记证件。
