公司变更注册资金的程序是向工商局提交变更申请；在银行开设验资账户；出验资报告；领取《公司变更登记申请表》；变更营业执照；变更组织机构代码证；变更税务登记证；变更银行信息。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第一百七十八条有限责任公司增加注册资本时，股东认缴新增资本的出资，依照本法设立有限责任公司缴纳出资的有关规定执行。
股份有限公司为增加注册资本发行新股时，股东认购新股，依照本法设立股份有限公司缴纳股款的有关规定执行。
《中华人民共和国公司法》第二十七条股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。
对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。
