公司有债务可以变更法人，这二者是不冲突的。公司变更法人后，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。
法律依据:
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十四条市场主体变更登记事项，应当自作出变更决议、决定或者法定变更事项发生之日起30日内向登记机关申请变更登记。
市场主体变更登记事项属于依法须经批准的，申请人应当在批准文件有效期内向登记机关申请变更登记。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十八条市场主体变更登记涉及营业执照记载事项的，登记机关应当及时为市场主体换发营业执照。
