合同主体不同，补充协议还有效。合同主体发生变更，产生的法律效果包括补充协议的法律约束力从原合同主体转移到新的合同主体，因此合同主体不同并不会影响补充协议的效力，发生主体变更的补充协议仍然有效。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《中华人民共和国民法典》第五百四十三条当事人协商一致，可以变更合同。
《中华人民共和国民法典》第五百五十五条当事人一方经对方同意，可以将自己在合同中的权利和义务一并转让给第三人。
