营业执照注销了还在营业的处罚是由工商行政管理部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下的罚款。因为这是属于无照经营的情形。若是触犯刑律的，依照刑法关于非法经营罪、重大责任事故罪、重大劳动安全事故罪、危险物品肇事罪或者其他罪的规定，依法追究刑事责任。
法律依据:
《无证无照经营查处办法》第十三条从事无照经营的，由工商行政管理部门依照相关法律、行政法规的规定予以处罚。法律、行政法规对无照经营的处罚没有明确规定的，由工商行政管理部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下的罚款。
《无证无照经营查处办法》第二条任何单位或者个人不得违反法律、法规、国务院决定的规定，从事无证无照经营。
