公司合理分配股份的方式是按照出资比例分配。也就是各股东出资不同，所占的比例不同，也就可以按照出资的多少来分配股权。还可以按照贡献大小分配。也可以按照股东的职位来分配。
法律依据:
《中华人民共和国公司法》第一百二十五条股份有限公司的资本划分为股份，每一股的金额相等。
公司的股份采取股票的形式。股票是公司签发的证明股东所持股份的凭证。
《中华人民共和国公司法》第一百二十六条股份的发行，实行公平、公正的原则，同种类的每一股份应当具有同等权利。
同次发行的同种类股票，每股的发行条件和价格应当相同；任何单位或者个人所认购的股份，每股应当支付相同价额。
《中华人民共和国公司法》第一百二十七条股票发行价格可以按票面金额，也可以超过票面金额，但不得低于票面金额。
