合同不合法但已经签了的处理方式为合同当事人向人民法院或者仲裁机构请求确认合同无效。根据法律规定，有效的民事法律行为不得违反法律、行政法规的强制性规定，所以即使当事人在不合法的合同上签了字，依然可以向法院请求确认合同无效。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
《中华人民共和国民法典》第一百五十三条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
