深圳注销公司可以网上办理，但是只适用简易注销，若是不是简易注销的，应当到市场监督管理部门办理。申请注销登记，应当提交的资料有申请书；税务部门出具的清税证明等。
法律依据:
《中华人民共和国市场主体登记管理条例实施细则》第四十四条
市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。依法需要清算的，应当自清算结束之日起30日内申请注销登记。
第四十五条
市场主体注销登记前依法应当清算的，清算组应当自成立之日起10日内将清算组成员、清算组负责人名单通过国家企业信用信息公示系统公告。清算组可以通过国家企业信用信息公示系统发布债权人公告。
第四十六条
申请办理注销登记，应当提交下列材料：
（一）申请书；
（二）依法作出解散、注销的决议或者决定，或者被行政机关吊销营业执照、责令关闭、撤销的文件；
（三）清算报告、负责清理债权债务的文件或者清理债务完结的证明；
（四）税务部门出具的清税证明。
