抵押权无效抵押合同有效的处理方式为债权人可以依据抵押合同向债务人主张赔偿。抵押权无效抵押合同有效是指抵押合同生效后，未进行登记，债务人将抵押物又抵押给第三人，并办理了登记的情形。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第四百零二条以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。
《中华人民共和国民法典》第四百零三条以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。
抵押权无效抵押合同有效的处理方式为债权人可以依据抵押合同向债务人主张赔偿。抵押权无效抵押合同有效是指抵押合同生效后，未进行登记，债务人将抵押物又抵押给第三人，并办理了登记的情形。
《中华人民共和国民法典》第四百零二条以本法第三百九十五条第一款第一项至第三项规定的财产或者第五项规定的正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立。
《中华人民共和国民法典》第四百零三条以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。
