船舶归水利局管理。国务院水利行政主管部门一般是全国河道的主管机关，各省、自治区、直辖市的水利行政主管部门是该行政区域的河道主管机关。国家对河道实行按水系统管理和分级管理相结合的原则。
法律依据:
《中华人民共和国河道管理条例》第四条国务院水利行政主管部门是全国河道的主管机关。
各省、自治区、直辖市的水利行政主管部门是该行政区域的河道主管机关。
《中华人民共和国河道管理条例》第五条国家对河道实行按水系统一管理和分级管理相结合的原则。
长江、黄河、淮河、海河、珠江、松花江、辽河等大江大河的主要河段，跨省、自治区、直辖市的重要河段，省、自治区、直辖市之间的边界河道以及国境边界河道，由国家授权的江河流域管理机构实施管理，或者由上述江河所在省、自治区、直辖市的河道主管机关根据流域统一规划实施管理。其他河道由省、自治区、直辖市或者市、县的河道主管机关实施管理。
