停业整顿期间擅自经营处理如下：价格主管部门可以申请人民法院强制执行，同时可以提请公安部门给予处罚，构成犯罪的向公安机关移送，依法追究刑事责任。
法律依据:
《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》第十二条价格违法经营者拒绝履行停业整顿处罚决定继续营业的，价格主管部门可以申请人民法院强制执行。停业整顿日期从法院强制执行生效之日起计算。
停业整顿期间擅自经营处理如下：价格主管部门可以申请人民法院强制执行，同时可以提请公安部门给予处罚，构成犯罪的向公安机关移送，依法追究刑事责任。
《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》第十二条价格违法经营者拒绝履行停业整顿处罚决定继续营业的，价格主管部门可以申请人民法院强制执行。停业整顿日期从法院强制执行生效之日起计算。
