缴纳的税款的合法有效凭证是：
（1）发票，适用支付给境内单位或者个人的款项；
（2）签单，适用支付给境外单位或者个人的款项；
（3）完税凭证，适用缴纳的税款；
（4）文书，即判决书、裁定书、调解书，以及仲裁裁决书、公证债权债务文书等；
（5）财政票据，适用扣除的政府性基金、行政事业性收费或者向政府支付的土地价款；
（6）自制凭证，适用企业内部自制的原始凭证。
法律依据:
《税收征收管理法》第十九条
纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行政法规和国务院财政、税务主管部门的规定设置帐簿，根据合法、有效凭证记帐，进行核算。
第二十四条
从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人必须按照国务院财政、税务主管部门规定的保管期限保管帐簿、记帐凭证、完税凭证及其他有关资料。帐簿、记帐凭证、完税凭证及其他有关资料不得伪造、变造或者擅自损毁。
第三十四条
税务机关征收税款时，必须给纳税人开具完税凭证。扣缴义务人代扣、代收税款时，纳税人要求扣缴义务人开具代扣、代收税款凭证的，扣缴义务人应当开具。
