甲公司与其分公司的业务指导关系不是由《民法典》调整的。甲公司与其分公司之间的业务指导关系属于同一主体内部的管理关系，不属于《民法典》的调整范围，《民法典》调整平等主体之间从事民事活动中发生的人身关系和财产关系。
法律依据:
《中华人民共和国民法典》第一条为了保护民事主体的合法权益，调整民事关系，维护社会和经济秩序，适应中国特色社会主义发展要求，弘扬社会主义核心价值观，根据宪法，制定本法。
《中华人民共和国民法典》第二条民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。
甲公司与其分公司的业务指导关系不是由《民法典》调整的。甲公司与其分公司之间的业务指导关系属于同一主体内部的管理关系，不属于《民法典》的调整范围，《民法典》调整平等主体之间从事民事活动中发生的人身关系和财产关系。
《中华人民共和国民法典》第一条为了保护民事主体的合法权益，调整民事关系，维护社会和经济秩序，适应中国特色社会主义发展要求，弘扬社会主义核心价值观，根据宪法，制定本法。
《中华人民共和国民法典》第二条民法调整平等主体的自然人、法人和非法人组织之间的人身关系和财产关系。
