配子选择是指选择对基因频率的影响，可发生在配子上，称为配子选择。
配子选择技术的大型海藻育种方法，根据两性生殖大型海藻孢子体和配子世代基因表达的重叠性，按照育种目标对配子（含配子体）世代进行选择，筛选出符合育种目标的配子，再利用筛选出的配子结合藻类培养技术培育出合乎育种目的孢子体。
配子选择技术的发明优点是把藻类育种工作的配子世代和孢子世代研究相结合，以在不同世代重叠表达的基因为研究对象，在其配子世代进行选择，可根据实验室内研究分析数据对其孢子体行状表达的情况进行预测和推断，将实验室研究与海上实验有机的融合在一起，根据生产需求完全实现实验室制种，省去海上养殖实验的过程，可大大提高育种的目标性和效率，缩短育种时间，提升育种技术水平。
