以下有关黄河水系（含支流）土著鱼类的列表，（除特别标明的个别鱼种）主要依据2015年及2017年出版的《黄河鱼类志》。外来引入鱼类物种未记在内。
黄河土著鱼类列表鲟形目Acipenseriformes
鲟科Acipenseridae
1. 达氏鲟-Acipenser dabryanusDuméril
2. 中华鲟-Acipenser sinensisGray
3. 东亚鳇鱼-Huso dauricus
匙吻鲟科Polyodontidae
1. 白鲟-Psephurus gladius
黄河土著鱼类列表鲱形目Clupeiformes
鲱科Clupeidae
1. 青鳞小沙丁鱼-Sardinella zunasiBleeker
2. 斑鰶-Clupanodon punctatus
鳁科Engraulidae
1. 刀鲚-Coilia ectenesJordan et Seale
2. 凤鲚-Coilia mystus
黄河土著鱼类列表鲑形目Salmoniformes
鲑科Salmonidae
1. 秦岭细鳞鲑-Brachymystax lenok tsinlingensisLi
黄河土著鱼类列表胡瓜鱼目Osmeriformes
香鱼科Plecoglossidae
1. 香鱼-Plecoglossus altivelisTemminck et Schlegel
银鱼科Salangidae
1. 大银鱼-Protosalanx hyalocranius
2. 安氏新银鱼-Neosalanx andersoni
3. 寡齿新银鱼-Neosalanx oligodontisChen
4. 前颌半银鱼-Hemisalanx prognathusRegan
5. 尖头银鱼-Salanx cuvieriValenciennes
6. 长臀银鱼-Salanx longianalis
黄河土著鱼类列表鳗鲡目Anguilliformes
· 鳗鲡科Anguillidae
1. 鳗鲡-Anguilla japonicaTemminck et Schlegel
黄河土著鱼类列表鲤形目Cypriniformes
亚口鱼（胭脂鱼）科Catostomidae
1. 胭脂鱼-Myxocyprinus asiaticusBleeker
鳅科Cobitidae
条鳅亚科Noemachilinae
1. 须鼻鳅-Lefua costataKessler
2. 红尾副鳅-Paracobitis variegatus
3. 硬刺高原鳅-Triplophysa scleropterus
4. 拟硬刺高原鳅-Triplophysa pseudoscleropterus
5. 达里湖高原鳅-Triplophysa dalaicus
6. 东方高原鳅-Triplophysa orientalis
7. 岷县高原鳅-Triplophysa minxianensis
8. 巴氏高原鳅（黄河高原鳅）-Triplophysa pappenheimi
9. 后鳍高原鳅-Triplophysa posteroventralis
10. 壮体高原鳅-Triplophysa robustus
11. 中亚高原鳅-Triplophysa stoliczkai
12. 长蛇高原鳅-Triplophysa longianguis
13. 背斑高原鳅-Triplophysa dorsonotatus
14. 董氏高原鳅-Triplophysa toni
15. 鞍斑高原鳅-Triplophysa sellaefer
16. 隆头高原鳅-Triplophysa alticepsHerzenstein
17. 钝吻高原鳅-Triplophysa obtusirostraWu et Wu
18. 似鲇鼓鳅-Hedinichthys siluroides
19. 陕西高原鳅-Triplophysa shaanxiensisChen *
20. 黑体高原鳅-Triplophysa obscuraWang *
21. 武威高原鳅-Triplophysa wuweiensisLi& Chang *
22. 梭形高原鳅-Triplophysa leptosoma*
23. 郃阳高原鳅-Triplophysa heyangensisZhu, 1992 *
沙鳅亚科Botiinae
1. 花斑副沙鳅-Parabotia fasciataDabry de Thiersant
2. 东方薄鳅-Leptobotia orientalisXu
花鳅亚科Cobitinae
1. 中华花鳅-Cobitis sinensisSauvage et Dabry
2. 北方花鳅-Cobitis granoeiRendahl
3. 泥鳅-Misgurnus anguillicaudatus
4. 细尾泥鳅-Misgurnus bipartitus
5. 大鳞副泥鳅-Paramisgurnus dabryanusSauvage
鲤科Cyprinidae
鲤亚科Cyprininae
1. 鲤-Cyprinus carpioLinnaeus
2. 鲫-Carassius auratus
鲃亚科Barbinae
1. 大鳞突吻鱼（多鳞铲颌鱼）-Varicorhinus macrolepis
鮈亚科Gobioninae
1. 鲮䱻-Hemibarbus labeo
2. 花䱻-Hemibarbus maculatusBleeker
3. 长吻䱻-Hemibarbus longirostris
4. 刺鮈-Acanthogobio guentheriHerzenstein
5. 似白鮈-Paraleucogobio notacanthusBerg
6. 麦穗鱼-Pseudorasbora parva
7. 多牙麦穗鱼-Pseudorasbora fowleriNichols
8. 华鳈-Sarcocheilichthys sinensisBleeker
9. 黑鳍鳈-Sarcocheilichthys nigripinnis
10. 红鳍鳈-Sarcocheilichthys sciistius
11. 多纹颌须鮈-Gnathopogon polytaenia
12. 短须颌须鮈-Gnathopogon imberbis
13. 济南颌须鮈-Gnathopogon tsinanensis
14. 银色银鮈-Squalidus argentatus
15. 点纹银鮈-Squalidus wolterstorffi
16. 八纹银鮈-Gnathopogon similisNichols
17. 中间银鮈-Squalidus intermediusNichols
18. 似铜鮈-Gobio coriparoidesNichols
19. 灵宝鮈-Gobio meridionalisXu
20. 花丁鮈-Gobio cynocephalusDybowski
21. 张氏鮈-Gobio tchangi sp. nov.
22. 棒花鮈-Gobio rivuloidesNichols
23. 黄河鮈-Gobio huanghensisLo
24. 细体鮈-Gobio tenuicorpusMori
25. 小索氏鮈-Gobio soldatovi minulusNichols
26. 短须铜鱼-Coreius heterodon
27. 长须铜鱼-Coreius septentrionalis
28. 铜鱼-Coreius cetopsis
29. 吻鮈-Rhinogobio typusBleeker
30. 大鼻吻鮈-Rhinogobio nasutus
31. 拟鮈-Pseudogobio vaillantiSauvage
32. 长吻拟鮈-Pseudogobio longirostrisMori
33. 棒花鱼-Abbottina rivularis
34. 清徐胡鮈-Huigobio chinssuensisNichols
35. 杜氏船丁鱼（长蛇鮈）-Saurogobio dumeriliBleeker
36. 达氏船丁鱼（蛇鮈）-Saurogobio dabryiBleeker
37. 黄河罗马诺鮈-Romanogobio amplexilabris*
鳅鮀亚科Gobiobotinae
1. 鳅鮀-Gobiobotia pappenheimiKreyenberg
2. 宜昌鳅鮀-Gobiobotia ichangensisFang
3. 平鳍鳅鮀-Gobiobotia homalopteroideaRendahl
裂腹鱼亚科Schizothoracinae
1. 厚唇裸重唇鱼-Gymnodiptychus pachycheilusHerzenstein
2. 花斑裸鲤-Gymnocypris eckloni Herzenstein
3. 斜口裸鲤-Gymnocypris scoliostomusWu et Chen
4. 骨唇黄河鱼-Chuanchia labiosaHerzenstein
5. 黄河裸裂尻鱼-Schizopygopsis pylzoviKessler
6. 嘉陵裸裂尻鱼-Schizopygopsis kialingensisTsao et Tun
7. 极边扁咽齿鱼-Platypharodon extremusHerzenstein
雅罗鱼亚科Leuciscinae
1. 尖头拉氏鱥-Phoxinus lagowskii oxycephalus
2. 张氏鱥-Phoxinus tchangiChen
3. 青鱼-Mylopharyngodon piceus
4. 瓦氏雅罗鱼-Leuciscus waleckii（参见：黄河雅罗鱼,Leuciscus chuanchicus）
5. 草鱼-Ctenopharyngodon idellus
6. 赤眼鳟-Squaliobarbus curriculus
7. 宽鳍鱲-Zacco platypus
8. 鳤鱼-Ochetobius elongatus
9. 南方马口鱼-Opsariichthys uncirostris bidensGünther
10. 鳡鱼-Elopichthys bambusa
鲴亚科Xenocyprininae（= Chondrostominae)
1. 银鲴-Xenocypris argenteaGünther
2. 黄鲴-Xenocypris davidiBleeker
3. 细鳞斜颌鲴-Plagiognathops microlepis
4. 刺鯿（似鯿）-Acanthobrama simoniBleeker
鳑鲏亚科Rhodeinae（= 鱊亚科Acheilognathinae）
1. 大鳍刺鳑鲏-Acanthorhodeus macropterusBleeker
2. 越南刺鳑鲏-Acanthorhodeus tonkinensisVaillant
3. 短须刺鳑鲏-Acanthorhodeus barbatulus
4. 带臀刺鳑鲏-Acanthorhodeus taenianalisGünther
5. 兴凯刺鳑鲏-Acanthorhodeus chankaensis
6. 白河刺鳑鲏-Acanthorhodeus peihoensis
7. 无须副鱊-Paracheilognathus imberbis
8. 无须鱊-Acheilognathus gracilisNichols
9. 中华鳑鲏-Rhodeus sinensisGünther
10. 高体鳑鲏-Rhodeus ocellatus
11. 彩石鲋-Pseudoperilampus lightiWu
12. 方氏鳑鲏-Rhodeus fangi(Miao, 1934) *
鳊亚科Abramidinae（= 鲌亚科Culterinae）
1. 白鰷-Hemiculter leucisculus
2. 贝氏白鰷-Hemiculter bleekeriWarpachowsky
3. 三角鲂-Megalobrama terminalis
4. 尖头红鲌-Erythroculter oxycephalus
5. 弯头红鲌-Erythroculter recurviceps
6. 蒙古红鲌-Erythroculter mongolicus
7. 红鳍红鲌-Erythroculter erythropterus
8. 短尾鲌-Culter alburnus brevicaudaGünther
9. 鳊-Parabramis pekinensis
10. 细鳞锯齿鳊-Toxabramis swinhonisGünther
11. 银色锯齿鳊-Toxabramis argentiferAbbott
12. 银飘鱼-Parapelecus argenteusGünther
13. 寡鳞飘鱼-Parapelecus engraulis
14. 开封白䱔-Hemiculterella kaifensisTchang
15. 中华细鲫-Aphyocypris chinensisGünther
16. 达氏鲌-Chanodichthys dabryi*
鲢亚科Hypophthalmichthyinae
1. 鲢-Hypophthalmichthys molitrix
2. 鳙-Aristichthys nobilis
黄河土著鱼类列表鲇形目 Siluriformes
鲇科Siluridae
1. 鲇-Silurus asotus Linnaeus
2. 兰州鲇-Silurus lanzhouensis Chen
3. 南方大口鲇-Silurus soldatovi meridionalisChen
鲿（鮠）科Bagridae
1. 黄鲿鱼-Pseudobagrus fulvidraco
2. 瓦氏黄鲿鱼-Pseudobagrus vachellii
3. 长吻黄鲿鱼-Pseudobagrus longirostris
4. 厚吻黄鲿鱼-Pseudobagrus crassirostris
5. 粗唇黄鲿鱼-Pseudobagrus crassilabris
6. 开封黄鲿鱼-Pseudobagrus kaifenensis
7. 乌苏里鮠-Leiocassis ussuriensisDybowski
8. 黄河拟鲿-Pseudobagrus hwanghoensisMori *
9. 盎堂拟鲿-Pseudobagrus ondonShaw *
10. 中华疯鲿-Tachysurus sinensis*
黄河土著鱼类列表颌针目Beloniformes
· 鱵鱼科Hemiramphidae
1. 前鳞鱵-Hemiramphus kurumeusJordan et Starks
2. 细鳞鱵-Hemiramphus sajoriTemminck et Schlegel
3. 间鳞鱵-Hemiramphus intermediusCantor
黄河土著鱼类列表鳉形目
· 大颌鳉科Adrianichthyidae
1. 青鳉-Oryzias latipes sinensis
黄河土著鱼类列表刺鱼目Gasterosteiformes
· 刺鱼科 Gasterosteidae
1. 中华九刺鱼-Pungitius pungitius sinensis
黄河土著鱼类列表合鳃目Synbranchiformes
· 合鳃科Synbranchidae
1. 黄鳝-Monopterus albus
黄河土著鱼类列表鲽形目Pleuronectiformes
· 舌鳎科Cynoglossidae
1. 短吻红舌鳎-Cynoglossus
2. 半滑舌鳎-Cynoglossus
3. 窄体舌鳎-Cynoglossus
4. 短吻三线舌鳎-Cynoglossus
黄河土著鱼类列表鲻形目Mugiliformes
· 鲻科Mugilidae
1. 鲻鱼-Mugil cephalus Linnaeus
2. 鮻鱼-Liza soiuy
黄河土著鱼类列表鲈形目Perciformes
鲈亚目Percoidei
· 鲈科Percichthyidae
1. 花鲈-Lateolabrax japonicus
2. 鳜（花）鱼-Siniperca chuatsi
3. 纲纹鳜-Siniperca aequiformisTanaka
鰕虎鱼亚目Gobioidei
塘鳢科Eleotridae
1. 沙塘鳢-Odontobutis obscura(有效学名：河川沙塘鳢Odontobutis potamophila)
2. 黄黝鱼-Hypseleotris swinhonis
鰕虎鱼科Gobiidae
1. 强鳍栉鰕虎鱼-Ctenogobius hadropterusJordan et Snyder
2. 普栉鰕虎鱼（子陵吻鰕虎鱼）-Ctenogobius giurinusRutter
3. 刺鰕虎鱼-Acanthogobius flavimanus
4. 矛尾刺鰕虎鱼-Acanthogobius hasta
5. 舌鰕虎鱼-Glossogobius giuris
6. 矛尾鰕虎鱼-Chaeturichthys stigmatiasRichardson
7. 叉齿鰕虎鱼-Tridentiger obscurus
8. 双纹叉齿鰕虎鱼-Tridentiger trigonocephalusGill
9. 狼鰕虎鱼-Odontamblyopus rubicundus
弹涂鱼科Periophthalmidae
1. 弹涂鱼-Periophthalmus cantonensis
乌鳢亚目Channoidei（= Ophiocephaliformes）
乌鳢科Channidae（= 鳢科Ophiocephalidae）
1. 乌鳢-Channa argus Cantor
斗鱼科Belontiidae（= Polyacanthidae，Macropodidae）
1. 圆尾斗鱼-Macropodus chinensis
刺鳅亚目Mastacembeloidei（= Opisthomi）
· 刺鳅科Mastacembelidae
1. 中华刺鳅-Macrognathus sinensis
黄河土著鱼类列表鲉形目Scorpaeniformes
· 杜父鱼科Cottidae
1. 松江鲈-Trachidermus fasciatusHeckel
黄河土著鱼类列表鲀形目Tetraodontiformes
· 鲀鱼科Tetraodontidae
1. 弓斑东方鲀-Takifugu ocellatus
2. 星弓东方鲀-Takifugu obscurus
3. 红鳍东方鲀-Takifugu rubripes
4. 星点东方鲀-Takifugu niphobles
5. 中华单棘鲀-Monacanthus chinensis(Osbeck, 1765) *
