根据搜索结果，南开大学和厦门大学在专业实力、学科评估和地域特色上各有优势，以下是综合对比分析及建议：
一、学科实力与评估
理论经济学
南开大学理论经济学为A类学科，包含政治经济学、经济思想史等6个二级学科，在教育部学科评估中表现突出。
应用经济学
厦门大学应用经济学为A类学科，国民经济学、金融学等方向实力较强，但整体评估等级略低于南开。
其他优势学科
南开：工商管理（A级）、法学（B+级）
厦大：会计学（传统优势专业，A级）、海洋科学（A+级）
中央财经大学：金融学（A类，北方认可度高）
二、地域与就业优势
南开
地处天津，属于京津核心圈，就业机会多且集中在北京、天津等地，尤其适合北方考生。
经济类专业保研比例较高，尤其适合目标为两财一贸等顶尖院校的学生。
厦大
位于南方，经济发达且就业选择广泛，尤其在南方城市（如深圳、上海）有较好资源。
会计学、金融学等专业实力强，适合希望未来在南方发展的学生。
三、选择建议
根据专业优先级
若主修理论经济学或应用经济学，南开是首选。
若偏好会计学或金融学，厦大更具优势。
结合地域与规划
优先考虑就业地：北方考生建议南开，南方考生可灵活选择。
保研需求：南开保研难度较低，厦大需通过竞争激烈的考研。
参考综合排名
三校综合实力排名：中山大学 > 南开大学 > 厦门大学（需结合具体年份调整）。
四、其他注意事项
专业冷热差异 ：部分专业（如会计学）存在地域性偏好，建议结合自身职业规划选择。
实地考察 ：通过校招、学长学姐交流等方式，了解两校学习氛围和行业资源。
综上，南开和厦大各有千秋，建议考生根据专业方向、就业规划及地域偏好综合决策。
